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  [No.1822] 共起ネットワーク(MST) 投稿者:油山  投稿日:2014/09/27(Sat) 12:25:03

樋口先生、

お世話になります、油山と申します。

共起ネットワークについて教えていただきたいことがございます。
どうぞよろしくお願いいたします。


(1)
共起ネットワークでMST(最小スパニングツリー)という機能が提供されています。

MSTは理解できています。

MSTにチェックを入れると、当該のエッジが強調表示されて便利ですが、
更に見やすくするために、MSTのエッジ、ノードだけで、再描画をしたい
というニーズをもっております。


保存したRファイルに加筆修正をしたファイルを作成、保存し、
梱包のRコンソールに、上記ファイルを読み込ませることで、
ニーズを実現したいと思っております。

具体的な、Rファイルの加筆修正方法を教えていただけましたら、大変に助かります。


自分でも考えております。

MSTの検出で得たmstをn2に代入して、
n2のグラフ描画のコードを再利用すればよいのでしょうか?



(2)
梱包されているRは2種類(32bit版、64bit版)が入っており、助かります。

もし、新しいパッケージをインストールする場合には、
パッケージ版の64bit版、32bit版の違いを意識して、
別々にインストールする必要があるのでしょうか?


以上2点、教えていただけましたら大変に助かります。

どうぞよろしくお願いいたします。


  [No.1826] Re: 最小スパニングツリーのみを描画 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/10/01(Wed) 15:58:50

Re: 最小スパニングツリーのみを描画 (画像サイズ: 688×710 99kB)

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

最小スパニングツリーのみを描画するには、保存した*.Rファイルを次のよう
に編集すると良いでしょう。

まず「com_method <- "cnt-b"」というような行を検索します。この「cnt-b」
の部分は、中心性・サブグラフ検出手法によって変化するので、前半部分で
検索すると良いでしょう。

そして、この行の前に、以下のようなコマンドを加えてください。

> n2 <- minimum.spanning.tree(
> n2,
> weights = 1 - get.edge.attribute(n2, "weight"),
> algorithm="prim"
> )

これで、もともとの描画対象であったネットワーク「n2」から最小スパニング
ツリー(MST)を取り出したものが、新たに「n2」に代入されます。そしてMST
(n2)が、中心性計算・サブグラフ検出の対象となります。

MSTのみにすると、添付画像のようなすっきりしたネットワークになりますね。

次にパッケージについては、単にどちらかを起動してinstall.packages()を
実行するだけで良いような感じです。


  [No.1827] Re: 最小スパニングツリーのみを描画 投稿者:油山  投稿日:2014/10/01(Wed) 22:00:10

樋口先生、

お世話になります、油山と申します。

ご丁寧にご教示いただき、誠にありがとうございます。

さっそくやってみます。
もし不明な点があれば、質問させてください。

どうぞよろしくお願いいたします。