Re: 最小スパニングツリーのみを描画 (HIGUCHI Koichi) KH Coder 旧掲示板
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  [No.1826] Re: 最小スパニングツリーのみを描画 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/10/01(Wed) 15:58:50
Re: 最小スパニングツリーのみを描画 (画像サイズ: 688×710 99kB)

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

最小スパニングツリーのみを描画するには、保存した*.Rファイルを次のよう
に編集すると良いでしょう。

まず「com_method <- "cnt-b"」というような行を検索します。この「cnt-b」
の部分は、中心性・サブグラフ検出手法によって変化するので、前半部分で
検索すると良いでしょう。

そして、この行の前に、以下のようなコマンドを加えてください。

> n2 <- minimum.spanning.tree(
> n2,
> weights = 1 - get.edge.attribute(n2, "weight"),
> algorithm="prim"
> )

これで、もともとの描画対象であったネットワーク「n2」から最小スパニング
ツリー(MST)を取り出したものが、新たに「n2」に代入されます。そしてMST
(n2)が、中心性計算・サブグラフ検出の対象となります。

MSTのみにすると、添付画像のようなすっきりしたネットワークになりますね。

次にパッケージについては、単にどちらかを起動してinstall.packages()を
実行するだけで良いような感じです。


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