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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
また、貴重なデータを拝見させていただき、まことにありがとうございます。

確認させていただきたいのですが、MeCabで、強制抽出する語を指定して前処
理を実行した際には（すなわち重複が発生してしまう前処理の時には）、
ターミナル画面にエラーメッセージが表示されていないでしょうか？

> input-buffer overflow. The line is split. use -b #SIZE option.

といった感じのものが複数表示されていないでしょうか？

どうぞよろしくお願いいたします。