こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
この「input-buffer overflow」はMeCabのエラーメッセージでして、このエ
ラーが出る場合には、問題の重複が発生してしまいます。
KH Coderには最近のバージョンのMeCabとの間に相性問題があり、このエラー
が出ることが分かりました。(少し古いバージョンのMeCabを使っていたもの
で、なかなかこの問題に気がつきませんでした) そこで、この相性問題を
修正したKH Coderを2.Beta.32bとしてご準備いたしました。
こちらのページから2.Beta.32bへのアップデータをダウンロードして、お使い
ください。
http://khc.sourceforge.net/mac_com_sp.html#up
この2.Beta.32bをお使いいただけば、「input-buffer overflow」のエラーも
表示されず、重複も起こらないかと思うのですが、いかがでしょう。