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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
漱石「こころ」データでは、共起ネットワークは作成できていますでしょうか？
「こころ」で作成できているならば、入力データに何らかの原因があるの
かもしれません。
なお、入力データか、そうでなければデバッグ用ファイルをお送りいただければ、
おそらくは解決できるのではないかと思います。
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デバッグ用ファイルとは：
KH Coderを終了してからconfig\coder.iniを開き、「r_plot_debug」という箇
所を「1」に変更して上書き保存します。その後、共起ネットワークを作成す
ると、config\R-bridgeフォルダに「khc3_word_netgraph_1.r」のようなファ
イル群が作成されています。「.r」でファイル名が終わっているファイルをす
べてお送りください。
ただし、KH Coderの終了時にはデバッグ用ファイルもすべて削除されるので、
エラーが出ても、KH Coderを起動させておいたまま、デバッグ用ファイルを
コピー・送信してください。