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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
関連語検索コマンドでは、現在の所、「特徴的でない」語はリストアップしな
い方針になっています。ここで「特徴的でない」とは、全体での出現確率の方
が、条件付き確率（共起欄の確率）よりも大きいことを言います。詳細はマ
ニュアルや、こちらのスレッドをご覧ください。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=1928&mode=allread
リストアップされない場合があるので、共起の合算値が（思ったより）小さく
なることはあり得るかと思います。
それとは違う形で「合わない」場合は、まったく別の現象かもしれませんが、
ひとまずのご返信までに。