こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
はたして何が原因なのか、うーん、ちょっと難しいですね。
Rを一度終了してみてください。そして再度KH Coderから*.rファイルを保存し
てみると、いかがでしょう?
それから保存するファイル名を半角のアルファベット・数字のみにしてみると
いかがでしょうか。できればフォルダ名も半角のアルファベット・数字のみに
するとなお良いかと思います。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=551&mode=allread
こちらの手順をお試しになったものと思うのですが、現在は、Rを起動する際
には「kh_coder.exe」と同じ場所にある「Rgui.bat」をダブルクリックしてく
ださい。
ひとまず思い付くのは以上のようなところです。