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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
改行があると、そこでKH Coderは段落を区切ります。段落が区切られると、文
も強制的に区切られます。
しがって、分析結果に影響があるでしょうし、そのままでは大丈夫ではないと
思います。
改善方法としては、データ中の「変な所」の改行を削除するしかないように思
います。いったんすべての改行を削除してから、「。」の後ろに改行を入れる
という手順なら、テキストエディタの「検索と置換」の機能で自動的に行える
でしょう。