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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
「関連語検索」から「共起ネットワーク」を利用した場合、「関連語検索」の
検索条件にマッチした文書だけを使って、Jaccard係数が計算されます。よっ
て、データ全体で計算した係数とは異なる値になるでしょう。
詳しくはこちらのスレッドもご覧下さい。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=2055&mode=allread
次に、Jaccard係数にはあまり外的な基準はありませんので、0.2ないし0.1と
いった数値で試してみて、結果を見ながら調節するのが良いかと思います。