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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 両方の共起ネットワークを用いると、どうしても、私のストーリーに当て
> 嵌めがちなのでしょうか？
いえ、そんなことは無いと思います。両方の共起ネットワークを使用して
差し支えないでしょう。
> 結果があまりにも私の思惑になっているようだ
これがどういう意味なのか、詳しくおうかがいできないと、なかなかご返信
が難しいところです。
ただ、強いて書きますと、漱石「こころ」の場合はもとから上・中・下の3つ
に分かれていました。それに対して、現在分析なさっているデータについては、
ご自身でいくつかの部分に分けられた（＝見出しを付けた）ものと思います。
もし「恣意的ではないか」と言われてしまいやすい所があるとすれば、この分
け方くらいだろうかと思います。「3人の人にインタビューした内容だから、
3つの部分に分けた」「こういう理由で、○○・△△・□□・◎◎の4つの部分
に分けた」ときちんと説明できれば、何も問題無いのではないかと思います。
そうした、データをどう用意したかという手順の影響は大きいですが、共起
ネットワークを2種類使っては駄目といったことはないはずです。
ひとまずのご返信までに。