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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

こちらの手順で、共起ネットワークの編集をなさっているということでしょうか。
http://www.slideshare.net/khcoder/r2kh-coder

その場合、添付の「edit_network2.r」の一番下に以下のコマンドを書き足してい
ただけば、PDF形式で保存できます。C:\khcoder\net_edited.pdfというファイル
に保存されます。

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pdf(
    file   ="C:\\khcoder\\net_edited.pdf",
    height = 8,
    width  = 8,
    family = "Japan1GothicBBB"
)

plot.igraph(
    n2,
    vertex.label       =colnames(d)
                        [ as.numeric( get.vertex.attribute(n2,"name") ) ],
    vertex.label.cex   =f_size,
    vertex.label.color ="black",
    vertex.label.family= "", # Linux・Mac環境では必須
    vertex.label.dist  =vertex_label_dist,
    vertex.color       =ccol,
    vertex.frame.color =com_col_v,
    vertex.size        =v_size,
    vertex.shape       =v_shape,
    edge.color         =edg_col,
    edge.lty           =edg_lty,
    edge.width         =edg_width,
    layout             =lay_f,
    rescale            =F
)

dev.off()
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