こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
グラフ形式での保存については、以前にもご要望をいただいたことがあり、将
来的には追加すべき機能として検討中です。graphml、gml、xgml等ですが、ど
の形式が一番広く普及しているか、どの形式に対応するのが一番便利そうかと
いった点について、もしお考えとのところがございましたらお教えいただけま
すと幸いです。
なお、少し情報が古くなっているかもしれませんが、Cytoscape、Gephi、
VOSviewer、Pajekといったソフトにデータを出力する方法をこちらにまとめて
います。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=577&mode=allread