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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
分かりにくい仕様で恐縮なのですが、KH Coderは何か処理を行なう際には、そ
の処理に専念いたします。画面の維持なども行ないません。このため、OSから
は「応答なし」と見なされるのですが、処理が完了すれば再び操作可能になり
ます。ただ、エラーで止まってしまっていると、ずっとそのまま「応答なし」
ということなります。
したがって、可能性としては、処理に時間がかかっているだけということもあ
りえそうです。タスクマネージャーでkh_coder.exeのCPU利用率やHDD利用をご
覧いただいて、ある程度動いているようでしたら、単に処理に時間がかかって
いるだけかもしれません。この場合は、数日？数週間？放っておくと、もしか
すると完了するかもしれません。
CPUやHDDの利用がなかったり、コンソール画面（黒字に白文字のコマンドプロ
ンプトのようなWindow）にエラーが出ている場合には、問題が起きて止まって
しまっているのかもしれません。エラーが出ていれば、それをお知らせいただ
けますと、原因を探る手がかりになるかと思います。
なお蛇足ながら、いずれにしてもかなり大きいデータですので、個人的にはラ
ンダムサンプリングによって縮小されることがお勧めです。サンプリングした
小さなデータで分析を進めながら、必要に応じて全データからの検索やサンプ
ルへの補充を…、という形をお勧めしております。（「KH Coderの本」の7.1.2
節に少しですがこの点の説明がございます）