こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。「文書」メニューから、「抽出語×文書」表の出力を行ない、SPSS・SAS・Rなどの統計ソフトウェア上で類似度行列をお作りいただくのが良いかと存じます。なお、出現回数(文書数)があまりに少ない語の場合(例えば1回とか2回しか出現していない語の場合)、計算された類似度をどの程度信頼できるか難しい点にご留意ください。