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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
(1)クラスター分析の結果をR形式で保存し、R上で必要な操作を行なうか、
(2)「抽出語×文書」表を出力し、SPSS等の統計ソフトウェアを用いれば、
可能だと思います。
ただ、「ほぼ同じクラスター」同士の距離を比べることに意味があるか
どうかは何とも言えないように思います。
コーディングルールを作成して、「コードAとコードBの共起の度合いが、
時点Aと時点Bでこう変わった」というような結果の方が、意味を理解しやす
いかもしれません。