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こんにちは、樋口です。
書き込みありがとうございます。

> （1）の「R上で必要な操作を行う」というのは、具体的にどういった操作な
> のでしょうか？

R上でいったん同じ分析結果を出した後、独自のRコマンドを入力していただく
操作になります。

http://www.slideshare.net/khcoder/r1kh-coder
こちらの例では、私の方で「独自のRコマンド」を準備しており、それをp.6で
使用する形になっています。

今回のケースでは、私の方ではコマンドを準備していませんので、Rのマニュア
ルを見ながらコマンドを入力していただくことになります。