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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
メニューから「前処理」「語の抽出結果を確認」とたどり、「びょういん」
「びょうき」「きょねん」を検索すれば、どのようにKH Coderに認識されてい
るかわかると思います。
ともあれ、要は誤認識されているものと思います。
対策としては、必要な語については「強制抽出」を行なうか、あるいはデータ
を漢字にするかかなぁと思います。
最新アルファ版をお使いいただき、ChaSenではなくMeCabを使うことで、ある
程度改善される可能性もありますが、どの程度改善されるか確信はありません。