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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
そうなんです、Rのigraphパッケージは0.7以前をインストールして下さい。
最新版をインストールすると自動処理（コマンドライン・オプション）以前に、
通常の共起ネットワーク・コマンドがそもそも動かないはずです。現時点では
KH Coderは最新版のigraphに対応できていません。
※PerlとかMySQLは15年前に書いたコードがそのまま機能する（効率はともか
く動作はする）のですが、Rのパッケージ（特にigraphやggplot2）はわりとす
ぐに仕様が変わってしまって、以前のコードが動かなくなります。なかなかこ
の変化に追いつけていません。