こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> もし、dオブジェクトに相当する行列を外部ファイルから読み込めば、
> 以降のプログラムは再利用できるのでしょうか?
はい、そのはずです。
(英語ですが)こちらに異なる係数を使う例があります。Jaccardではなく
Ochiaiを使う例です。外部ファイルからの読み込みを行なわなくても、コマン
ドを数行書き換えれば、異なる係数を利用できます。
https://sourceforge.net/p/khc/discussion/222396/thread/a2d8a1b9/?limit=25#098a
> dオブジェクトは、0〜1の範囲内である必要はあるのでしょうか?
たぶん、0-1までの範囲におさまらなくても大丈夫だと思うのですが、100%の
確信は持てません。試してみて、もし問題が出たらまた書き込んで下さい。