こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
Macでは「kh_coder」をダブルクリックすると、ターミナルが開き、自動的に
いくつかのコマンドが実行されて、KH Coderが起動するかと思います。これら
のコマンドを控えておいていただき、ターミナルで正しく実行しますと、
KH Coderがターミナルから起動するはずです。
それから、自動的にプロジェクトを作成して共起ネットワークを作成・保存す
るといった自動処理のサンプルが、「auto_run.pm」として「tutorial_jp」
フォルダに添付してあります。
また、あまり詳細には書いていないのですが、こうした自動処理についての
簡単な解説がこちらの書籍にございます。
『Rのパッケージおよびツールの作成と応用』
http://amzn.to/1w4Fe4Z