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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます！
まず、漱石「こころ」チュートリアルはお試しいただけましたでしょうか？
http://www.slideshare.net/khcoder/kh-coder-28776074/7
漱石「こころ」チュートリアルでも同様の問題が生じる場合は、KH Coderが正
常に機能していないことが疑われます。
それに対して、漱石「こころ」チュートリアルであれば正常に共起ネットワー
クを作成できる場合、分析なさっているデータに固有の問題という可能性が考
えられます。データが少量で、2回以上出現している語が3語ないしは5語を下回
ると、そうした状況になるかもしれません。抽出語リストをご覧いただくと、
2回以上出現している語がたくさんあるという状況でしょうか？