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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
「関連語検索」の結果が出てから「ネット」ボタンをクリックした場合、その
章の特徴語のネットワークになる。そうではなくて（特徴語ではなくて）、単
にその章に多く出現した語のネットワークにしたいということですね。
この場合、1つ1つの章を別々のファイルにして、別々のプロジェクトとしてKH
Coderに登録するしかないと思います。そして通常の共起ネットワークを作成
すれば、お望みの形になろうかと思います。
（特徴語のネットワークと、それほど結果は変わらなさそうな気もしますが…）