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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

これはなかなか難しい問題でして、今のところKH Coder上の操作で解決するこ
とは難しいと思います。

KH Coderの出力をIllustratorで編集していただくのが、今のところ、一番現
実的かと思われます。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#illust

今後のKH Coderでは改善できると良いのですが、ネットワークの描画について
はigraphパッケージに頼っているので、このパッケージの機能次第という感じ
です。