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黒澤です. 返信ありがとうございます.
plugin_jpディレクトリにBrillsTagger.pmを含むTermExtractディレクトリと, auto_run.pmファイルが存在していました.
これら2つを外のディレクトリに移動させたところ, KH Coderを通常通り実行することができました.
原因はよくわからなかったのですが, 一応Mac OS版での解決策として.
加えて異なる話題になってしまうのですが, 質問したいことがありますので新規ツリーにて投稿させていただきます.
ありがとうございました.