こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。ご自身でインストールされたRには、最新のigraphパッケージがインストールされていたためかと思います。igraphは最近の更新で仕様変更があり、古いコマンドが動かなくなった(エラーが出るようになった)のです。KHcoderのフォルダにある「Rgui64」をダブルクリックすると、KH Coderに添付のRとigraphが動くので、この場合はエラーにならなかったのでしょう。