新規に自動設定ソフトウェアをDLし、~/khcoder/setup.appを起動したところ、
下記のエラーが出ます。

/Users/aki/Desktop/khcoder/deps/R-3.1.0/Resources/bin/R: line 237: /Users/K/perl/core/deps/R-3.1.0/Resources/etc/ldpaths: No such file or directory
XMODIFIERS=@im=uim registered, selecting anthy (ja) as default conversion engine

サイトにありました必要な前準備を行い、以下の操作もしてみました。
>これを回避するには、「khcoder」フォルダ内にある「kh_coder」と「setup」
>の2つをいったん他の場所に移し、それから元の場所に移し直せば良いことが
>分かりました。

対処法がありましたらお教えいただければと思います。

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

書き込んでいただいたのは「setup」ではなく、「kh_coder」をダブルクリック
した時に出るメッセージのように見受けられます。

対策としては、一度、Macの再起動を行なってください。その上で、「setup」
をダブルクリックしてみてください。「kh_coder」ではなく「setup」をダブル
クリックする点にご留意ください。そして、その時に出る表示を貼り付けてお
教えいただけるでしょうか？

「You are ready to run kh_coder.app!」が出るか、それとも、それ以外の表
示がでるでしょうか？　もし「You are ready to run kh_coder.app!」が出ま
したら、その後、「kh_coder」をダブルクリックしてみるといかがでしょう？

p.s.
Mac OS X 10.9の場合は「setup」「kh_coder」を移動して戻す操作は不要です。

何度か再起動したところ、KHCoderを無事起動できました。ありがとうございました！