こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
kh_coder.exeは、現在動作しているKH Coderそのものです。
khcoder-200f-f.exeは、お書きいただいた内容からも推測できるように、KH
Coderの配布用・インストール用ファイルです。
ですから、一度KH Coderが動作するようになれば後者は不要という見方もあ
ります。一方で、何かのトラブルでKH Coderが動かなくなってしまった場合
や、インストール(解凍)からやり直すような場合には再び必要になるでし
ょう。
その時には再度ダウンロードすればよいと考えるか、その時にダウンロード
が提供されている保証はないので手元に置いておこうと考えるかは、人によ
るかなと思われます。