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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 分析する列と手作業で行ったコーディングが対応していない
これはどういう状態のことでしょうか？
「手作業で行ったコーディング」の結果が入力された列は外部変数として扱い、
もとのテキストを「分析する列」として指定するということでしたら、それで
問題ありません。
> 対応分析においてのみ，添付のようなエラーが
エラーメッセージだけではちょっと原因が分かりません。
メールでデータをお送りいただけましたらお調べさせていただきます。
> 多次元尺度構成法による分析時に外部変数を同時に分析することは可能でし
> ょうか。
残念ながらこの機能は備えていません。多次元尺度構成法は抽出語のみの分析
となります。