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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> 付属のthemeをコーディングルールにし、単純集計まではできます。

ここから、おそらくKH Coderのインストールは成功しており、正常に動作して
いるものと考えられます。

> ですが、参照から自分で作ったものを使用するとはやり「選択されたファイ
> ルは・・・」の記述が出てきます。

そして、ここからは、お作りになったコーディングルール・ファイルの内容
（書き方）に何らかの問題があったことがうかがわれます。


分析対象ファイルではなく、コーディングルール・ファイルの内容をここに
貼り付けていただけば、その問題が何か分かるかもしれません。