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  [No.3065] KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/26(Wed) 11:57:44
KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない (画像サイズ: 1181×515 120kB)

樋口先生
大変お世話になっております。

小職、KHCoder v3a09df版を使い、医療セーフティ事例の解析トライアルをしております。

graphML形式で[保存]を実行すると次のエラーが表示され、KHCoderが終了しました。
小職の使い方の問題のミスも考えられますが、その他何か考えられるでしょうか。
===============================
ファイルを開けませんでした。
KH Coderを終了します。
*
C:/khcoder3a09df/config/R-bridge/khc6_word_netgraph_7_save.graphml

/<C:\khcoder3a09df\kh_coder.exe>kh_r_plot/network.pm line 88
===============================

1.KHCoder v3a09df版は、 C:\khcoder3a09df に解凍しています。
(1)前バージョンv3a09bf版(C:\khcoder3a09bf\配下へインストール)を使った解析では、共起ネットワークを作成後にgraphML形式ファイルを保存してGephi0.8.2(ForceAtlas3D)でネットワークを観察する…など、経験済です。
(2)新バージョンv3a09df版で、graphML形式ファイルを作成するのは今回が初めてです。

2.参考として、KHCoder_v3a09dfのホーム画面と、[相関をカラー表示:]の画面を貼付けました。


  [No.3066] Re: KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/26(Wed) 12:06:33

Re: KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない (画像サイズ: 844×761 63kB)

(関連で補足)
すみません、補足させてください。

共起ネットワークは正常に表示されます(添付図)。
----------------------------------
・graphML形式以外の形式のファイルは、
すべて正常に保存されました。

EMF File
Net Graph File
Adobe Acrobat
R ファイル
SVG
PNG
----------------------------------


  [No.3068] Re: 3.Alpha.09dにおけるgraphML形式ファイルの保存について 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/26(Wed) 20:15:38

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

こちらで確認したところ、現在の最新アルファ版ではgraphMLで保存する機能
が動作していないことが分かりました。アルファ版の問題点をお見つけいた
だいてありがとうございます。

次のバージョンで修正いたしますが、しばし日数をいただくことになると思い
ます。ご不便をおかけして申し訳ありません。


  [No.3071] Re: 3.Alpha.09dにおけるgraphML形式ファイルの保存について 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/26(Wed) 23:23:02

こんにちは、樋口です。

この問題を修正したバージョンを先ほど3.Alpha.09eとして
リリースしました。

おかげさまでバグを1つ修正できました。ありがとうござい
ました。


  [No.3072] Re: 3.Alpha.09dにおけるgraphML形式ファイルの保存について 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/27(Thu) 09:16:09

樋口先生
おはようございます。

お忙しい中、早々に対応して頂き感謝申し上げます。

早速使用させて頂きます。


  [No.3073] Re: 3.Alpha.09dにおけるgraphML形式ファイルの保存について 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/27(Thu) 09:42:53

(追伸)
大変申し訳ありません。このスレをお借りして、関連でご質問させてください。

----------------------------------
KHCoderのバージョンアップ版をPCに設定する際の「ヒント」与えてください。
----------------------------------

1.バージョンアップ版のインストール後、プロジェクトも新規作りなおしておりました。
2.旧版のプロジェクトを作り直さず、バージョンアップしたファイルだけを上書きするなど
 の簡単な操作でバージョンアップする方法はありませんか。

 ※データベースと設定内容の引き継ぎについては、エクスポート/インポートする方法がある
 ことは承知しております。


 先生の仕事に差し支えないように、この件について過去のスレがあれば
記事の番号でもよろしいです。


  [No.3077] Re: Windows版パッケージのアップデートについて 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/27(Thu) 16:12:47

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

そうですね、多くの場合は以下の3つのファイルを新版で上書きすれば、最新版
としてお使いいただけます。c:\khcoder3upのような別フォルダにUnzipして、
そこからファイルを取り出して、現在お使いのものを上書きするのが簡単でしょ
う。
・kh_coder.exe
・config\msg.jp
・config\msg.en

Rを使った多変量解析の機能を大きく更新したような場合は、「dep\R」フォル
ダの上書きも必要になる場合があります。いったんもとの「R」フォルダを削
除してから、新しいものをコピーするのが良いでしょう。

※なお、最新版をUnzipする際には、上書きしないようにフォルダを変えるこ
とに加えて、「When done unzipping open: .\create_shortcut.exe」のチェ
ックを外しておくと良いでしょう。


  [No.3079] Re: Windows版パッケージのアップデートについて 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/27(Thu) 16:47:30

早速のお返事ありがとうございました。

======================
c:\khcoder3upのような別フォルダにUnzipして、
そこからファイルを取り出して、現在お使いのものを上書きするのが簡単でしょ
う。
・kh_coder.exe
・config\msg.jp
・config\msg.en
======================

・各ファイルのタイムスタンプを拝見すると、今回のバージョンアップは
 
------------------
kh_coder.exe の修正だけだったので、
config\msg.ipとconfig\msg.en は上書きしなくても良い

 MySQLもそのまま使用を継続できる
------------------
 
 ということで宜しいでしょうか。

 

 


  [No.3081] Re: Windows版パッケージのアップデートについて 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/27(Thu) 17:28:01

はい、そうなります。


  [No.3085] Re: Windows版パッケージのアップデートについて 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/28(Fri) 09:07:06

先生、おはようございます。

 そのように進めさせて頂きます。
ありがとうございました。


  [No.3075] Re: 3.Alpha.09dにおけるgraphML形式ファイルの保存について 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/27(Thu) 14:27:12

樋口先生、もう一点、「外部変数…相関をカラー表示:」について、
質問させてください。

1.この機能で共起ネットワーク図を表示させても、凡例の表題が[Postion]
になりません。

 ・どのような操作でこの表記になるのでしょうか。

 ・Rで表示させる機能なのでしょうか。操作方法を不勉強で申し訳ありません。

2.この新機能を使うTipsを書いた記事はありませんか。
 
 ・twitterにそのようなグループがあれば拝見させて頂きたいです。

3.twitter(6月2日)の記事に、「データの前方で出現・共起しているほど青く、後方では赤くな
るカラーリング…」とあります。

 ・”データの前方と後方”とはどのような値を指すのでしょうか。


  [No.3078] Re: 「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションについて 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/27(Thu) 16:34:09

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

すみません、Twitterのスクリーンショットは開発中のもので、この表示は
「Correlation」に固定となりました。


説明も今のところTwitterでの簡単なもののみですね。
https://twitter.com/khcoder/status/887563080225275904
https://twitter.com/khcoder/status/870657651536838656


「出現位置」を選択した場合、(1)各文書に1から始まって2、3と順に大きく
なる「文書番号」を振っています。一方で、(2)語があったかどうか、共起
があったかどうかを示す0-1の2値変数があります。この2つの相関係数をもと
に色を決めています。

したがって、語や共起がデータの前の方に偏っていた場合、(1)文書番号は
相対的に小さくなり、相関係数は小さく(マイナスに)なり、色は青っぽく
なります。

もし「出現位置」ではなく、アンケート自由回答の場合に回答者の「年収」を
選択したら、収入の低い人に多い語や共起ほど、青い色で表示されるでしょう。
ただし「年収」が外部変数として入力されている必要があります。


  [No.3086] Re: 「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションについて 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/28(Fri) 11:00:09

先生、おはようございます。
早々のお返事ありがとうございました。

1.以下の記事は公開時に拝見しておりました。承知しております。
ありがとうございました。
-------------------
説明も今のところTwitterでの簡単なもののみですね。
https://twitter.com/khcoder/status/887563080225275904
https://twitter.com/khcoder/status/870657651536838656
-------------------

2.相関係数のカラー化についての先生の記述に、とても興味を持ちました。
============================ 
>「出現位置」を選択した場合、(1)各文書に1から始まって2、3と順に大きく
なる「文書番号」を振っています。一方で、(2)語があったかどうか、共起
があったかどうかを示す0-1の2値変数があります。この2つの相関係数をもと
に色を決めています。
============================

…ということは、収集された自由回答のテキストデータ群が時系列で収集された
情報である場合は、以下の<前提>のもとで<相関係数のカラー化>が行われると
理解してよろしいでしょうか。

<前提>
(1)用意するテキストデータ群は、情報を解析・評価する際の着目ポイントに
ついて「外部変数」(エクセルの列項目)として用意する。
(2)着目ポイントに相当する外部変数と「値」は、評価の高低や時間の経過(
例えば、“こころ”であれば「上中下」)をカテゴリー化して用意する。

<相関係数のカラー化>
上記の前提のもとで、先生の文章について、小職が現状のスキルで理解する言
葉で整理しました。以下でよろしいでしょうか。

(1)「出現位置」を選択した場合
 ・選択した“プロジェクト”に共起する“語”のネットワークについて、
・時系列の全データに共起する語を抽出して、
・“良く出現する抽出語(データ群に特徴的な語)とその語とネットワークする
語”およびそれらの組み合わせについて相関係数を評価し、相関をカラー化する。

(2)着目する「外部変数」を選択した場合
 ・「外部変数」の“値”を持つデータ列を対象に共起する語を抽出して、
 ・“良く出現する抽出語(データ群に特徴的な語)とその語とネットワークする語”
およびそれらの組み合わせについて相関係数を評価し、相関をカラー化する。
 
3.小職がトライアル中の事例は、一定期間を経過した後に解析結果を論文形式で
病院長へ報告する予定です。

 ・外部変数と共起する“語”についての相関は、どの情報を参照すればよろしい
 でしょうか。

※過去のスレッドだと、「[No.3057]抽出語×外部変数の度数集計表の出力」の
方法が該当するでしょうか。


  [No.3087] Re: 「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションについて 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/28(Fri) 12:13:04

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

私の先の書き込みはちょっと言葉が足りなかったでしょうか。

まず、「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションは、共起
ネットワークの色を変えるだけのものです。このオプションを選んでも選ばな
くても、共起ネットワークの形そのものは変化しません。共起ネットワークに
おける語の配置や、どの語とどの語が線で結ばれているかということは、変化
しません。このオプションにチェックを入れても入れなくても、データ全体か
ら語と語の共起を探しています。そして、共起する語を線で結んでいます。

このオプションを選ぶと変化するのは、色だけです。共起がデータ中のどこで
発生していたかを、色で示します。

「出現位置」を選んだ場合、早く入力された回答に多く見られる(偏っている
)共起は、青色の線で表示されます。後の方に入力された回答に多い(偏って
いる)共起は赤色の線になります。

「外部変数」として例えば年齢を選んだ場合、若者の回答に多い(偏っている)
共起は青い線で表示されます。年配の方の回答に多い(偏っている)共起は、
赤い線で表示されます。なお、相関係数を計算しているので、このオプション
で使用する外部変数は、「上」「中」「下」のようなカテゴリではなく、「1」
「2」「3」のような数値でなければなりません。


以上のような色の変化ではなく、外部変数と語の共起を、もっと直接的に表現
したい場合には、「語―外部変数・見出し」の共起ネットワーク作成が1つの
方法です。下のURLの例では、「上_先生と私」「中_両親と私」「下_先生
と遺書」といった外部変数の値と、語の共起を線で表現しています。
http://khc.sourceforge.net/screen_r/net_var.png

もちろん対応分析でもよいと思います。
http://khc.sourceforge.net/screen_r/bubble.png


  [No.3089] Re: 「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションについて 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/28(Fri) 14:53:34

先生、本日は大変貴重な時間を頂戴いたしました。
沢山のことを理解できました。ありがとうございました。


------------------------------
1、>「外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」オプションは、共起
ネットワークの色を変えるだけのものです。

2、>「外部変数」…なお、相関係数を計算しているので、このオプション
で使用する外部変数は、「上」「中」「下」のようなカテゴリではなく、「1」
「2」「3」のような数値でなければなりません。
------------------------------

上記についてご教示頂きありがとうございました。特に2、については根本的な
間違いでしたので、小職がトライアルする事例で『相関係数をカラー化』したい
オプションの外部変数の値に「数値」を設定して、試してみます。


また、「以上のような色の変化ではなく、外部変数と語の共起を、もっと直接的に表現
したい場合」については、「こころ」を参考にさせて頂き、先生のご教示のように利用
させて頂いております。

ありがとうございました。失礼いたします。


  [No.3088] Re: KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/28(Fri) 14:23:37

Re: KHC_v3a09df版「共起ネットワーク/外部変数・見出し・位置との相関をカラー表示」のあとgraphML形式ファイルを保存できない (画像サイズ: 672×541 120kB)

樋口先生、大変お世話になっております。

このスレに関連して、共起ネットワークと対応分析のグラフをR形式で[保存]し、
Rバッチでグラフを表示するときにRがエラーを出しているので報告します。

1、KHCoderのバージョン v3a09ef 版(α最新版)
・インストール先 C:/ khcoder3a09ef

2、エラーの発生状況
(1) [ツール/抽出語/共起ネットワーク]で、[…相関をカラー表示:]
(2) 結果グラフを表示後に[保存]で、[R source(*.r)]形式でファイル保存
(3) Rをバッチで起動した後、R形式ファイルをDrag&Drop
(4) R Consoleで、エラー表示(添付図)

3、エラーの再現性
・再現性は、毎回 R Consoleを再起動して実施しました。
(1) 共起ネットワークのR形式データでは、異なるデータファイルでも再現します。
(2) 対応分析のR形式データでは、このエラーは発生しません。また、対応分析の
R形式データが(R Consoleに)再表示された後に(1)のファイルをDrag&Drop
 するとエラーは発生しません。


  [No.3090] Re: R Source形式で保存・実行時のエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2017/07/28(Fri) 17:27:06

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

手元の環境ではお知らせいただいたエラーを再現できなくて、なぜだろうと考
えているところです。ひとまず、以下の手順をお試しいただけますでしょうか。

保存したR Sourceファイルを「秀丸」「サクラエディタ」のようなテキストエ
ディタで開き、冒頭に以下の行を追加して、上書き保存してください。

> library(RColorBrewer)

※追加時には、最初の「>」は削除してください。

このファイルをRで実行する(ドラッグ&ドロップする)といかがでしょう。


  [No.3093] Re: R Source形式で保存・実行時のエラー 投稿者:nekoandcoro  投稿日:2017/07/31(Mon) 09:30:50

先生、おはようございます。
早々にお返事を頂きながら返信が遅れて申し訳ありません。

---------------------------------------
>保存したR Sourceファイルを「秀丸」「サクラエディタ」のようなテキストエ
>ディタで開き、冒頭に以下の行を追加して、上書き保存してください。
> library(RColorBrewer)
---------------------------------------

1.7/28のRConsoleで発生したエラーの環境で、再度確認致しました。

(結果)
LibraryをR形式ファイルの冒頭に追加すると、グラフは表示されました。

(原因)
・7/28の現象について、「Rguiの起動-->RConsoleへRファイルをDrag&Drop」
までの所作を確認した結果を報告します。
(1) Rguiのバッチのショートカットが、旧版のpath C:/khcoder3a09df から
呼び出されていました。

  ※前述の(結果)は、(1)のRguiバッチで実行しました。

(2) 新版の path C:/khcoder3a09ef から呼び出したRguiではエラーなしでした。

2.今後、Rguiの起動はショートカットを作らずに利用することとします。
ご迷惑をおかけしました。ありがとうございました。