こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。こちらで確認したところ、現在の最新アルファ版ではgraphMLで保存する機能が動作していないことが分かりました。アルファ版の問題点をお見つけいただいてありがとうございます。次のバージョンで修正いたしますが、しばし日数をいただくことになると思います。ご不便をおかけして申し訳ありません。