こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。KH Coder 3に関してはまだインストーラー(自動設定ソフトウェア)がないので、お手数をおかけしています。エラーを出した当該のファイル(kh_lib/plotR/code_mat.pm)をmiのようなテキストエディタで開き、改行コードをlfにして上書き保存してみるといかがでしょう?※手元で試せていないため、確信を持てないのですが…。