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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
# 私の知っている限りでは、Linux上でKH Coderを動かして
# いらっしゃる方というのは、なかのさんがはじめてです！
メニューの「前処理」「語の抽出結果を確認」とたどり、
「h1」を検索してみていただけますでしょうか。検索結果
をダブルクリックして詳細画面を出すと、Windows版では
「<H1>」がタグとして取り出されていることが分かると
思うのですが、Linuxではどうでしょうか。
KH Coderは、<>で括られている部分を強制的に1つの語と
して取り出し、「タグ」という品詞名を与えるように茶
筌を設定します。お使いの茶筌のバージョンが新しいの
で、もしかするとこの設定に失敗しているのかもしれま
せん。その場合は、手動で茶筌を設定していただければ
なんとかなるかもしれません。
（なお、KH Coderから茶筌を起動する際は、KH Coderに
登録したchasenrcファイルが使われますのでご注意くだ
さい。kh_lib/kh_morpho/linux/chasen.pmの12行目あた
りです）
あるいは、古い茶筌でも良い場合には、2.2.0以前の茶筌
をお試しいただくのも手かと思います。
それでは、どうぞよろしくお願いいたします。