こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

Macの方は、自動設定ソフトウェアをお使いでしょうか。この場合、茶筌とい
う、データ中から語を取り出すソフトウェアのバージョンがMacとWindowsで異
なるので、語の取り出し方からして少し異なるものになります。このために配
置が変わったものと思います。
http://khc.sourceforge.net/mac_com.html#known

次に共起ネットワークの配置については、単になるべく見やすく配置している
ものでして、配置を決めるプロセスの中で乱数が使用されています。この関係
で、同じWindows上ですら、32bitと64bitでは配置が変わったりします。

※ただ、どの語とどの語がつながっているかや、サブグラフ検出の結果は変化
しません。この点でも、共起ネットワークの場合は、配置ではなく、どの語と
どの語がつながっているかを見ていただくことが重要です。


ともあれ、今のところ同じOS上であれば（Windows / Mac, 32bit / 64 bit）、
KH Coder 2でも3でも同じ配置になるようです。したがって、MacでKH Coder 3
をお使いいただくのが手っ取り早そうです。あるいは、MacのKH Coder 2で共
起ネットワークを作成した後、それを「R Source」形式で保存し、Rコマンド
を書き足すことで係数を表示するかだと思います。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#net-jaccard