追記になります。

一度KHcoderを終了し、開き直し、プロジェクト→「開く」において、動かなかったプロジェクトを開くことはいちおうできているようです。しかし、そこから、取捨選択など前処理の設定をしたのち、「前処理の実行」をすると、再び先ほどのようなウィンドウ上で選択ができない状態になってしまいます。その際のターミナル画面も添付させていただきます。