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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

配置を決める方法（fruchterman reingold）は、基本的には、なるべく語と語
が重ならず、そして線と線も重なったり交わったりしないようにという方法で
す。一言で言うと、なるべく見やすいように配置しています。

配置を決める方法（fruchterman reingold）と、サブグラフ検出を行なう方法
（random walks, etc.）とは、まったく別々のものです。したがって、配置の
近いものが同じサブグラフ（グループ）に入ることもあれば、そうでないこと
もあります。サブグラフ検出の方法としてrandom walksを使うと、比較的、近
くに配置されたものが同じサブグラフに入りやすいように思います。

それぞれの方法の詳細を書いた論文をマニュアルに挙げてありますので、必要
に応じてご確認ください。

> また白い円は、白い円同士できょうきされているという認識で間違ってない
> でしょうか。

いえ、そうとは限りません。詳しくはマニュアルをお読み下さい。KH Coder 2
では、丸い囲み枠の色によって違います。KH Coder 3の白い語は、他の語とサ
ブグラフを形成していない単独の語です。