こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

KH Coderから「文書×抽出語」表を書き出してから、これをRに読み
込んで、Rで自己組織化マップを実行するというのが素直な手順かな
と思います。


別の方法としては、KH Coderで作成した抽出語の自己組織化マップを
「R Source」形式で保存し、これを編集するという手もあるかもしれ
ません。抽出語の自己組織化マップでも、「文書×抽出語」表を使っ
ているのですから、分析に入る前にデータの行と列を入れ換えてしま
えばよい訳です。

保存した「R Source」形式のファイルをテキストエディタで開き、
「# SOM」という行を検索します。この行の直前に以下の2行を加える
と良いでしょう。

d <- t(d)
rownames(d) <- 1:nrow(d)

データの先頭から数えて1つ目の文書に「1」、2つ目の文書に「2」と
いうふうに文書IDをふっています。