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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
19時に開始して翌日の17時となると、20時間以上ですね。ですが、添付していただいた画像を拝見する限り、異常は見あたりません。
また、「Strat2」（と内部的に呼んでいる）処理の後には、データによっては非常に長い処理時間を要する「DF」（と内部的に呼んでいる）処理がひかえています。おそらく、この「DF」処理の最中だったのではないかと考えられます。
もし強制終了をされた時にHDDないしCPUが動いていた場合は、そのままさらに数日放って置いていただけば、処理が完了した可能性があります。逆に、HDDのアクセスランプが光らない状態が続き、CPU使用率も低い状態だった場合は、何らかのエラーが発生してKH Coder and / or MySQLが処理を停止した可能性があります。
前者の場合ですと、一週間くらいPCを放っておけるような時にお試しいただくより他はないかと思われます。（あるいは、サンプリングによってデータ量を減らしていただくか…）
以上ひとまずのご返信までにて失礼いたします。
どうぞ宜しくお願いいたします。