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こんにちは、樋口です。ご返信ありがとうございます。
EUC-JPで定義されていない文字は確かにエラーの原因になります。ただ、保証
外の方法にはなりますが、
1. UTF-8でテキストファイルを保存した上で
2. KH Coderにプロジェクトとして登録した後、「分析対象ファイルのチェック」
と「自動修正」を行なえば、
前処理ができそうな気もします。ただしこの場合、未対応文字はすべて削除され
ます。
あとは、Mac版のWordは使っていないのでよく分かりませんが、Windows版のWord
でテキスト形式（書式なし）で保存する際には文字コード（エンコード）を選択
できます。ここで「MS-DOS」を選択して、「文字の置換を認める」にチェックを
入れると、未対応文字を対応文字に置換してくれます。MacのWordにもこの機能
があれば、単に削除するのではなく、似た意味の文字に変換してくれるので便利
かもしれません。
※Windowsならば、まさにこのプラグインの出番でしょうが…。
http://www.screen.co.jp/as/products/monkin-main.html