こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。


秀丸を使って文字コードをShift-JISまたはEUCに変換して保存する
際、未定義文字が含まれていると添付画像のような画面がでます。

このとき、「変換できない文字を?などに置き換え…」を選ぶと未定
義文字を削除できます。

必ずしも秀丸を使わなければいけないわけではありませんが、未定
義文字が含まれているかどうか、含まれている場合は削除するとど
うかもご確認いただけますと幸いです。


あとは、この状況ですと（株）SCREEN ASのデータ準備用プラグイン
「文錦クレンジング」が役立つかもしれませんね。
http://www.screen.co.jp/as/products/monkin-main.html


なかなか上手くいかないようでしたら、メール等で当該のCSV
ファイルをお送りいただければ、こちらで拝見して対策を調べます。
よろしかったらご検討ください。