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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
1つのレビュー（文書）に対して複数のコードが付与されても、問題ないと思
います。
抽出語の対応分析でも、1つのレビュー（文書）から複数種類の語が抽出され
ています。「1つの文書からは1語しか取り出さない」という処理にはなってい
ません。
対応分析に投入するデータとして、確かにクロス集計表が用いられることが
多いです。しかし、「必ずクロス集計表であるべき」というわけではありま
せん。非負の整数からなる2元のデータ表（行と列からなる表）であれば、
かなり多様なものを分析できるかと思います。