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はじめまして、樋口です。書き込みありがとうございます。
> [1] 新しい単語を登録するとき、自分でつくった新しいグループに分類
> [2] 同義語収録
このどちらにつきましても、KH Coderではコーディングルールをお使いいただくのがもっとも便利だと思います。
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＊九州
福岡 or '福おか' or 博多
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こうしたコーディングルールによって、「福岡」「福おか」「博多」を含む文・段落等を、「＊九州」として数え上げることができます。
コーディングルールを使わない場合ですと、[1]については、茶筌の辞書を編集した上で、KH Coderの品詞体系を変更（マニュアル2.2.2節）する必要があります。
茶筌の辞書編集にあたって、詳しくはdep\chasen\dic\doc\ipadic-ja.pdfをお読み下さい。おそらく、grammer.chaで新しい品詞「九州」を使うことを設定し、connect.chaで「九州」の連接コストを設定する必要があると思います。
[2]については、コーディングルールを用いるほかには、そういったことを行うための仕組みがありません。※同義語指定のように恣意的になりうる作業は、「コーディングルール作成」という形で明示的に行う（コーディングルールは公開）というのが基本的な方針ですので…。