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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
GUIを表示して、たとえばボタンのクリックのようなGUI操作を自動化する方が
自動化用のコードを書くのがおそらく簡単です。
他方で、GUIに頼らずに直接的に処理を実行するような自動化コードを書けば、
GUIメニューやグラフのポップアップを表示せずに自動実行することは可能と
思います。この場合は、KH Coderのソースコードをより詳しく読む必要が生じ
るので、自動化コードを書くのがより大変になりそうな気はしますが、可能
です。