こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
共起ネットワークをPDF形式で保存したファイルを、Acrobat + Illustrator
またはフリーのInkscapeで編集していただくのが良さそうに思います。
Acrobat + Illustrator
http://khcoder.net/FAQ.html#illust
Inkscape
https://twitter.com/khcoder/status/1001869390403399680
https://sourceforge.net/p/khc/discussion/222396/thread/eb92eb86/#4490
フリーのInkscapeも大分進歩して使えるようになってきたように思います。