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はじめまして、樋口です。書き込みありがとうございます。

考えられることとして、まず、半角英数字のみのファイル名・フォルダ
名でお試しいただけますでしょうか。例えば、「d:\test\data.txt」の
ような名称で分析対象ファイルを保存し、それをKH Coderに登録してお
試し下さい。

それでも同じ結果になる場合は、計算に用いる語の数を100以下に抑えて
みて下さい。クラスター分析のオプション画面で、「最小出現数」のと
ころに「10」や「20」といった数値を入れてから、「チェック」ボタン
をクリックすることで、計算に用いる語の数を確認できます。
（※正確な限界は確認していないのですが、Rは極端に大きなデータを扱
えないと思いますので…）

今思いつくのは以上のような所なのですが、もしそれでも上手くいかな
い場合は、「開けませんでした」というファイルが実際に存在している
かどうかを、チェックしてみていただけますでしょうか。このファイル
は、クラスター分析の結果をRから書き出したものです。このファイルを
KH Coderから外部変数（タブ区切り）として読み込めば、クラスター
分析の結果を外部変数として読み込むことができます。

あとは、抽出語の階層的クラスター分析のような、他のRを使う分析が
上手くいくのかどうかもご確認いただけましたら幸いです。Rを使う分
析機能がすべて駄目なのか、文書のクラスター分析だけが駄目なのか
分かりますと、少し問題の切り分けができるかもしれません。

以上、ひとまずのご返信までにて失礼いたします。
どうぞよろしくお願いいたします。