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はじめまして、樋口です。書き込みありがとうございます。
どうも茶筌とTermExtractの違いというよりも、貼り付けるデータ内容
によって、化けたり化けなかったりしていたようです。
このバグは次のリリースで修正いたしますが、ともあれ、当座のやり過
ごし方としては、入力する内容をテキストファイルに（Shift-JISで）
保存し、このファイルを入力欄にドラッグ & ドロップする方法をお試
しいただけますでしょうか。
# KH Coderに入力した内容がバックアップされるという点でも、
# この方法はお勧めです。
どうぞよろしくお願いいたします。