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対応分析でプロットされる文字のサイズを小さくされたいということでしょう
か？ 考えられる方法として、まずは、お書きのように全角数字を半角にする
のが良いと思われます。また、対応分析のオプション画面で、フォントサイズ
指定（デフォルトでは80%）をより小さな値にすることも考えられます。
# ただし、文字が重なるほど近接している場合、「位置が明確に」なったと
# しても、それらの年の間に違いはほとんどないと考えていただくのが無難
# でしょう。
■外部変数について
この掲示板のNo. 445・447・451・453等で私が書きました手順に沿って、外部
変数を読み込んでいただければ、外部変数を用いた対応分析が行えるのではな
いかと思います。
■分析対象ファイルの上書きについて
同じくこの掲示板のNo. 448で書きましたように、分析対象ファイルが（本当
に）変更されていれば、その変更は前処理を実行することで反映されるはずで
す。FAQも適宜ご覧下さい。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-edit
以上にNo.を挙げたのは、すべてkinaさまへの返信として投稿した内容ですの
で、ご自身の投稿とあわせてふり返っていただけますと、理解していただき
やすいのではないかと思われます。
http://khcoder.info/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?no=444&mode=allread
なお、KH Coderの分析対象ファイルはテキストファイル（書式なしのファイル）
です。よって、分析対象ファイルの側では「字体やフォントも変え」ること
はできないはずです。