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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
「クラスターの結果（特徴）」というのは、おそらく「抽出語探索」画面で各
クラスターに特徴的な語をご覧になっているのだと思います。この「抽出語探
索」画面では、どのようにしてクラスター分析を行ったかには一切関知せず、
それぞれのクラスターに特徴な語（＝それぞれのクラスター内では出現確率が
高くなっている語）を検索しております。したがって、クラスター分析時に出
現回数1の語を除外した場合でも、「抽出語探索」画面では出現回数1の語がリ
ストアップされる場合があります。
設定（最小出現数）の違いは、クラスターの変化／グループ分けの変化として
反映されているのですが、それを確認する方法としては、各クラスターに分類
された文書を確認したり、あるいは各クラスターに特徴的な語を検索したりと
いった方法しか、今のところ思いつきません。
よろしくお願いいたします。