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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 普通に語を抽出して分析するのとコーディングルールで指定して分析するの
> は別なプロセス？（段階？）ということなのですね。
そういうことになります。念のために書きますと、「段階」と書いているのは、
下記ページに解説がある「段階1」と「段階2」のことです。
主な機能と分析手順: http://khc.sourceforge.net/diagram.html
> コーディングルールで指定した語を第1段階での分析に組み込むことができ
> ないということは，以下のことができないという理解でよいでしょうか。
> そして，以下のようなことをしたい場合に，何か方法はあるのでしょうか。
>（それぞれ別単語とするか，テキストファイルの状態で置換するしかないの
> でしょうか。）
> ・「おどろき」と「驚き」と「オドロキ」の3つをとコーディングルールで
> 「おどろき」と指定して，他の自動抽出された語と同じレベルで分析する。
お書きいただいたとおり、「できない」という理解で正しいかと存じます。分
析の段階1では「語Aと語Bを同じものとみなそう」といった操作は行いにくい
ように、KH Coderを設計しております。これは、意図的に、行いにくいように
しております。と言いますのも、同じものと見なせそうな語をデータ全体にわ
たって探すような「手作業」は労力的にも大変ですし、まとめる基準が作業中
にゆらがないとも限りません（特にデータが大きい場合には）。
そうしたことから、(i)段階1における抽出語の分析は「手作業」を排した状態、
極力バイアスフリーな状態で行い、その次の段階2で、(ii)どうしても必要な
最少限の言葉・概念だけをコードとして拾おうという考え方が、KH Coderには
内包されています。また、機械的に取り出した抽出語と、分析者の観点を反映
する（こともある）コードとの、不用意な混同を避けたいという考えもござい
ます。
※1 こうした分析の考え方につきまして、もしもご関心がございましたら、下
記論文にもう少し詳しく記してございます。
http://www.jstage.jst.go.jp/article/ojjams/19/1/101/_pdf/-char/ja/
さて、そうは申しましても、KH Coderのようなツールがいったん制作者の手を
離れましたら、その使用法はお使い下さる方のお考え次第です。また、制作者
の想定の範囲を超えるようないろいろな方法が試みられてこそ、分析方法＆ツ
ールが発展するものだと思います。
お書きいただいたような分析を行う方法としては、コーディングルールをお使
いただくのが手かもしれません。（手作業では大変ですのでなるべくエディタ
の置換機能等を使って）以下のようなコーディングルールをお作りいただくと
いう方法です。
> ＊おどろき
> おどろき or 驚き or オドロキ
>
> ＊語1
> 語1
>
> ＊語2
> 語2
>
> ＊語3
> 語3
分析に使われるのが100語200語といった程度でしたら、コードの数が多すぎる
ことに起因するエラーは生じないはずです。こうしたコーディングルールをい
ったんお作りいただきますと、コーディング結果を使ってKH Coder上で多変量
解析を行うこともできますし、コーディング結果をSPSS等に出力していただく
こともできます。
それではよろしくお願いいたします。