関西計量社会学研究会で久しぶりにお会いした大阪市立大学の先生に、「Geph
i」というネットワーク描画・探索ソフトウェアをお教えいただきました。ま
だ少ししか触っていませんが、面白そうなツールですので、KH Coderで作成し
た共起ネットワークをこのツールで編集する手順を以下にメモしておきます。
基本的な手順はCytoscapeの場合と同じで、以下の3段階になります：
(1) KH Coderで「共起ネットワーク」を作成して、これをR形式で保存
(2) Rを起動して、(1)で保存したファイルを読みこみ、Gephi向けにデータを保存
(3) Gephiを起動して、(2)で保存したデータを読み込む
(2)についての補足として、KH Coderに添付のRは、「kh_coder.exe」と同じ場
所にある「Rgui.bat」をダブルクリックすると起動します。また、また、(1)
で保存した「*.r」ファイルをRのコンソールにドラッグアンドドロップするこ
とで、当該ファイルを読み込むこと（実行）ができます。
そしてRのメニューから「ファイル」→「ディレクトリの選択」をクリックし
て、任意の場所（ディレクトリ）を選択して下さい。この操作の後に以下のコ
マンドを実行すると、選択した場所（ディレクトリ）にファイルが保存されま
す。
#---------------------------------------------------------------------
# Nodes
write.table(
data.frame(
id=1:nrow(d),
Label=rownames(d),
Freq=freq
),
"gephi-nodes.csv",
col.names = T,
row.names = F,
quote = F,
sep = ",")
# Edges
write.table(
data.frame(
source = el2$edge1,
target = el2$edge2,
Weight = el2$weight,
type = "undirected"
),
"gephi-edges.csv",
col.names = T,
row.names = F,
quote = F,
sep = ",")
#---------------------------------------------------------------------
(3)についてですが、Gephiの「Data Laboratory」画面で「Inport CSV」をク
リックします。「Nodes table」としてgephi-nodes.csvを、「Edges table」
としてgephi-edges.csvを読み込みます。この際、文字コード（Charset）は
Shift_JISにしておきましょう。
「Nodes table」としてgephi-nodes.csvを読み込むときには、Freqカラムを
「Integer」として読み込むと良いでしょう。このカラムにはそれぞれの語の
出現数が入っているからです。また、「Import settings」画面の一番下の部
分で、「Assign a new id to a node when it already exists in table」の
チェックを外しておきましょう。
以上で、Gephiにデータを読み込むことができます。Gephiのチュートリアルは
なかなか良くできていて、楽しく入門できる感じです。
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